Держава гарантує всім дітям рівне право на отримання освіти, тому в Конотопському ліцеї № 9 у 2023-2024 навчальному році функціонує три інклюзивних класи (1-Б, 2-В та 5-А), де навчається 8 здобувачів освіти з різними порушеннями. Троє учнів навчається за модифікованою програмою, інші за адаптованою.
У навчальному закладі забезпечено належні умови для навчання здобувачів освіти з особливими потребами: класні кімнати, ресурсна камната у початковій школі, бібліотека, їдальня, спортивна зала, медичний кабінет, внутрішній туалет знаходяться на І поверсі
У закладі освіти тривають ремонтні роботи по створенню пандусу. Відсутні: кнопка виклику робітника, ліфт для дітей з ООП.